A campanha de reedificação, do último quartel do século XVI, foi complementada com um programa decorativo do interior do templo, com pinturas murais que decoram a parte superior da nave, hoje encobertas pela campanha setecentista de talha dourada, telas e azulejos.
Para formar um friso com a representação das Sete Obras de Misericórdia Corporais, o pintor de Évora adaptou as gravuras do flamengo Dirck Volkertsz, com o cuidado em representar os episódios com referências quotidianas.